Moğollar Suriye'den çıkarılıp Halep Memluklerin eline geçince, Besni ahalisi Halep Emirine haber göndererek Ermenilerin tecavüzüne karşı yardım istemişlerse de istekleri sonuçsuz kalmış ve şehir Ermenilere tamamen teslim edilmiştir.
1293 yılında Besni Mısır Memlûk Sultanlığının Halep Valiliği’ne tabi naipliklerinden biri oldu.
14. yüzyılın ikinci yarısından itibaren Dulkadiroğlularının istilasına maruz kalmıştır. Bu istilalar sırasında Tükmen boy ve oymakları Besni'ye gelerek yerleşmişlerdir.
Yıldırım Bayezid zamanında bir yıl Osmanlı hâkimiyeti altında kalan Besni, daha sonra Mısırlıların eline geçmiş ve Halep Valisi tarafından buraya bir naip tayin edilmiştir. 27 Eylül 1400 tarihinde Besni Kalesi Timur tarafından zapt edilmiştir.
Besni özellikle Moğol ve Timur’un istilalarına karşı gösterdiği kahramanlık sonucu Yıldırım Beyazıt tarafından takdirname alan ilk şehirdir.
Timur'un çekilmesinden sonra Besni, 15. asrın sonlarına doğru kuvvetlenen Dülkadiroğlu beyliğinin eline geçmiş ancak; kısa bir süre sonra yeniden Mısırlılar almıştır.
Yavuz Sultan Selim; Çelik, Belveren, Suvarlı, Köseceli ve Keysun'dan geçen Sarraf Yolu’nu (Murat Yolu) takip ederek başlattığı Mısır seferi sırasında Besni Dülkadiroğulları beyliğine bağlanır.
Kanuni zamanında Besni artık Maraş'a bağlı bir kazadır.
İstiklal Savaşı döneminde Besnili Reşit Ağa Sivas Kongresi’ne katılır. Hüveydi aşireti reislerinden Hasan ve Yusuf Beylerin Kuva-i Milliye teşkilatına katılarak Antep ve Maraş’ı savunmada büyük rol almışlardır. Antep’teki Fransız silah deposuna ilk baskını yaparak bir çok askeri esir alanmışlardır.
Besni 1926 yılında Malatya'dan alınarak Antep'e bağlanmış, 1933'de yeniden Malatya'ya bağlanmıştır.
1954 yılında Adıyaman'ın vilayet olmasıyla Besni Adıyaman'ın bir ilçesi oldu.
Kaynak: Şakip Önder, Azim Şehir Besni,
Mükrimin Halil Yinanç, Besim Dargot, İslam Ansiklopedisi S. 5 70
NizamüddinŞami“Zafername”S.266